手足口病主要是在一个孩子经过呼吸道或者消化道，甚至接触，那么感染到了这个病毒，这个病毒进入孩子的体内，最终引起一些皮肤黏膜的一些改变。这个皮肤黏膜的改变，主要是发生在手的皮肤、足的皮肤和口腔的一个黏膜。也有一部分会引起像臀部或者膝盖，也可以出现类似的皮疹。但是少数的孩子这个病毒进入孩子的中枢神经系统，引起脑炎或者脑膜炎，尤其是有部分孩子这个病毒，侵入了孩子的脑干的部位，引起脑干脑炎，引起脑干脑炎进一步的发展引起孩子的循环的改变。
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